処理料金の支払いは、収集運搬業者に運搬料金と処分料金を一括して支払うことはできるのか？

結論から言うと、処理料金の支払い方法については、委託基準において規定はありません。

つまり、タイトルのような「収集運搬業者に運搬料金、処分料金を一括して支払い、運搬業者が一括で支払う」としても違問題ないということです。

廃棄物処理法では、運搬と処分の委託は、それぞれ委託契約を結ぶように定められており、契約書には処理料金を記載することが義務付けられていますが、委託契約書で処理料金の支払い方法について定め、その定めるところにより、収集運搬業者に処分料金も含めて一括して支払い、収集運搬業者が処分業者に処分料金を支払っても違法ではありません。
（第三者（商社当）が排出事業者との契約に基づき、処理業者への処理料金の支払いを代行することも可能です。）

しかし、個々の業者ごとに適正な対価が支払われずに不適正処理を招くことのないようにするため、個々の契約に基づいて収集運搬業者には運搬料金を、処分業者には処分料金をそれぞれ直接支払うことが望ましいと考えられます。

処分業者に適正な対価が支払われず、結果的に不適正処理が起きたときには、排出事業者が措置命令（法第19条の6）の対象となる可能性があります。

適正な対価について環境省は以下のように述べています。

環境省は、「一般的に行われている方法で処理するために必要とされる処理料金からみて著しく低廉な料金で委託すること（実質的に著しく低廉な処理費用を負担している場合を含む。）をいうものである」としており、その目安としては、「その地域における当該産業廃棄物の一般的な処理料金の半値程度又はそれを下回るような料金」としています。
（平成17年8月12日、各都道府県・政令市廃棄物行政主管部(局)長あて、環境省大臣官房廃棄物・リサイクル対策部廃棄物対策課長通知「行政処分の指針について」より）

余談ですが

収集運搬業者が最適な処分業者を排出事業者に紹介するサービス
産業廃棄物の種類に応じた最適な処理方法をコーディネートするサービス

等を行う場合においては、サービスに対する対価と処理料金は明確に区別されていなければなりません。